表面活性剂的生物降解是微生物将表面活性剂分解为二氧化碳和水的过程。这一过程可分为三个阶段:改变材料性质的初级生物降解;以及二氧化碳和水等无机物质的最终生物降解。世界经济合作与发展组织(world organization for economic cooperation development)规定,允许使用一次生物降解率大于80%,最终生物降解率大于70%的表面活性剂。难降解根据表面活性剂的化学结构,脂肪族比芳香族更易降解,直链比支链更易降解;极性基团中的羧基、磺酸、硫酸和乙氧基更易降解。因此,直链烷基化合物、烷基醇聚氧乙烯化合物、烷基糖苷和生物表面活性剂容易降解。降解机理表面活性剂的降解机理不同。对于直链烷基苯磺酸盐,烷烃端的甲基链和烷基链被连续氧化,然后除去磺化基团并破坏苯环。最后,它被降解成二氧化碳、水和硫酸盐。烷基醇聚氧乙烯化合物通常受到酯酶、脱氧酶和乙醚酶的作用。期望随着人们环保意识的增强,可生物降解表面活性剂的设计、生产和使用是今后的发展方向。